Servizi URDIS messi a disposizione presso EMBRC nel 2023

BIOLOGICAL RESOURCES  

BIOBANKS

 

CBU (Caretta BioBank @URDIS): Il CBU fornisce ai ricercatori l'accesso ai campioni conservati presso il Sea Turtle Rescue Centre, concentrandosi sulla tartaruga marina caretta (Caretta caretta). CBUservice prevede la fornitura di un prelievo di tessuto sanguigno di Caretta caretta, offrendo un'occasione unica di sperimentazione e di approfondimento.

Inoltre, è disponibile un set di dati sui contaminanti organici persistenti (POP) rilevati in più di 70 campioni di plasma da Caretta caretta raccolti tra il 2014 e il 2018, fornendo una preziosa prospettiva longitudinale.

URDIS garantisce una rigorosa aderenza agli standard etici e alle pratiche di conservazione.

 

 

 

 

Rearing of aquaculture animals

Rearing@URDIS: Strutture di stabulazione per pesci e macroinvertebrati, strutture di acquacoltura e sostegno alla stabulazione dei pesci (ad esempio, controllo neuroendocrino della riproduzione dei pesci, benessere dei pesci d'allevamento, sicurezza della qualità alimentare della produzione ittica). URDIS fornisce stanze climatizzate con serbatoi sperimentali di acqua di mare funzionante (100L-2000L) per esperimenti su organismi marini/d'acqua dolce.

Le strutture di allevamento URDIS si rivolgono a una vasta gamma di specie, promuovendo la ricerca e lo sviluppo sull'orata (Sparus aurata), la triglia (Mugil cephalus), la trota iridea (Oncorhynchus mykiss), il pesce rosso (Carassius auratus), la cozza mediterranea (Mytilus galloprovincialis), l'ostrica piatta (Ostrea edulis) e il gasteropode marino (Tritia mutabilis). Questa diversità supporta un ampio spettro di iniziative di ricerca e progetti di acquacoltura, per studiare anche modelli di crescita, biologia riproduttiva e preferenze di habitat. Le nostre strutture forniscono un ambiente controllato per la sperimentazione e la raccolta dei dati.

 

Ecosystem access   

Coastal research diving professionals support

SSAU (Sentina- S.Nicola access @URDIS): Accesso alla costa picena di S.Nicola a mare (Sito di Importanza Comunitaria (SIC)) e Riserva Naturale Regionale Sentina (habitat sabbioso intercotidale, habitat roccioso/duro subtidale, fondo molle subtidale, dune costiere, [42°54'20.8"N 13° 54'11.0"E] https://www.riservasentina.it/it/sentina-natural-regional-reserve.html).

È disponibile il supporto di professionisti subacquei. Il servizio è finalizzato a facilitare l'esplorazione del Sito di Importanza Comunitaria (SIC) S. Nicola a Mare e della Riserva Naturale Regionale Sentina. I ricercatori possono avere accesso al SIC S. Nicola a Mare, un'area costiera incontaminata rinomata per la sua importanza ecologica.

È disponibile l'esplorazione di habitat sabbiosi intertidali, habitat rocciosi/duri subtidali e fondali molli subtidali. Sono inoltre disponibili diversi ecosistemi protetti della Riserva Naturale Regionale della Sentina, dalle dune costiere agli ambienti subtidali. URDIS fornisce un servizio di identificazione tassonomica della vegetazione costiera/dunale e della macrofauna marina.

 

 

Research & Technology platforms

BIOASSAYS

Valutazione di biomarcatori cellulari e tossicogenomica basata su modelli cellulari. Fornitura di colture cellulari primarie di pesci; test E-Screen; test SI e YAS; piattaforma di biosensori. Studi di binding “su superficie” utilizzando un approccio basato su biosensori per rilevare contaminanti ambientali in matrici reali.

I laboratori URDIS forniscono la valutazione dei biomarcatori e la tossicogenomica su modelli cellulari, fornendo una piattaforma sofisticata per migliorare la comprensione dei contaminanti ambientali. Le nostre offerte includono una vasta gamma di test biologici, colture cellulari primarie di pesci e tecnologie di biosensori all'avanguardia.

L'elaborazione dei campioni è disponibile su richiesta tramite apparecchiature da banco di base, tra cui microscopi da dissezione, stereomicroscopi, bilance, congelatori a -80°C e –20°C, cappe a flusso laminare + incubatori a CO₂

Sono inoltre disponibili strumenti analitici: spettrofotomeri UV-VIS (Jasco), sistema GC (Varian CP-3800), HPLC con UV-VIS e rilevatore di fluorescenza (Varian ProStar HPLC)

Realtime PCR (Applied Biosystems), lettore di piastre ELISA (Amersham Biotrak), HPLC MS/MS (Waters 2695 + 2487, Waters Quattro micro API MS/MS), sequenziatore da banco iSEQ 100 (Illumina).

 

1. Valutazione dei biomarcatori: In URDIS vengono utilizzate tecniche avanzate per valutare la presenza e gli effetti dei contaminanti, consentendo una comprensione della stato di salute dell’ecosistema.

2. tossicogenomica su modelli cellulari: Forniamo l’accesso a tecnologie all’avanguardia che consentono un esame dettagliato delle risposte genetiche ai fattori di stress ambientale.

3. Colture cellulari primarie di pesci: esplora le complessità della vita acquatica con la fornitura URDIS di colture cellulari primarie di pesci. Queste culture fungono da strumenti preziosi per studiare le risposte e le interazioni cellulari, contribuendo a una comprensione più profonda dei cambiamenti ambientali.

4. Test E-Screen, YES e YAS: suite di test biologici per distruttori endocrini disponibili presso URDIS, includono i test E-Screen, YES e YAS. Questi test sono progettati per valutare gli effetti di interferenza endocrina, fornendo dati critici per la valutazione del rischio ecologico e il monitoraggio ambientale.

5. biosensors platform: sfruttare la piattaforma di biosensori "su superficie" URDIS per il rilevamento in tempo reale di contaminanti ambientali. L'approccio basato sui biosensori disponibili in URDIS offre elevata sensibilità e specificità, consentendo l'identificazione e la quantificazione precise di sostanze in diverse matrici.

6. Studi di binding: studi di legame approfonditi utilizzando la piattaforma di biosensori URDIS, consentono di esplorare le interazioni tra contaminanti ambientali e recettori biologici. Questo approccio migliora la caratterizzazione e comprensione del comportamento dei contaminanti negli scenari del mondo reale.

 

REMOTE SENSING AND TELEMETRY

Il servizio prevede non solo la raccolta dei dati; si tratta di un approccio articolato al monitoraggio e all'analisi ambientale, che fornisce ai ricercatori gli strumenti necessari per monitorare gli ecosistemi costieri.Il servizio URDIS include l'impiego di sonde multiparametriche, che consentono il monitoraggio in tempo reale di parametri ambientali essenziali come la qualità dell'acqua, la temperatura, la salinità e l'ossigeno disciolto. Affrontando il problema critico dell’inquinamento da microplastiche, URDIS utilizza strumenti di campionamento marino come la Manta per la raccolta di microplastiche superficiali. Questa attrezzatura aiuta a monitorare la presenza di microrifiuti in mare, identificare la componente chimica associata alle microplastiche catturate e studiarne l’impatto sulla vita marina e sugli habitat costieri, sostenendo gli sforzi di conservazione in corso.

I sistemi di informazione geografica (GIS) come ArcMap o QGIS per l'analisi spaziale e la competenza nella mappatura, combinati con la telemetria, consentono il monitoraggio in tempo reale e visualizzazione dei parametri ambientali, migliorando il monitoraggio e la gestione delle aree costiere.

Le competenze GIS sono inoltre disponibili per eseguire analisi spaziali e spazio-temporali avanzate, per identificare modelli spaziali, tendenze e correlazioni, fornendo una comprensione più profonda delle relazioni dinamiche all'interno degli ecosistemi costieri nel tempo.

È disponibile l'analisi dei sedimenti per valutare la composizione e lo stato di salute dei sedimenti costieri. Ciò include la valutazione della struttura dei sedimenti, l’identificazione degli inquinanti e la misurazione dell’impatto sugli ecosistemi bentonici.

Sono disponibili rilievi batimetrici e tecnologia sonar a scansione laterale per mappare la topografia del fondale marino e identificare le caratteristiche sommerse. Queste informazioni sono cruciali per la mappatura degli habitat, la comprensione delle dinamiche costiere e la pianificazione di iniziative di conservazione.

Presso URDIS è disponibile la conduzione di rilievi georeferenziati per documentare e mappare in modo completo la fauna e la flora delle aree costiere. Tali dati contribuiscono alle valutazioni della biodiversità, alla conservazione degli habitat e allo sviluppo di strategie di gestione efficaci.

 

 

 

E-services

Data SETS

Fornitura su richiesta di un database di dati ecologici misurati presso la Riserva Naturale Regionale Sentina dal 2014 e presso il SIC Grottammare dal 2014.

 Questo set di dati copre un ampio arco temporale, a partire dal 2014 ad oggi, fornendo una prospettiva longitudinale per analisi approfondite. Il database è progettato per offrire una risoluzione sia spaziale che temporale, consentendo agli utenti di condurre analisi su scale diverse. In questo modo sono resi possibili l’esplorazione delle variazioni localizzate all'interno delle aree selezionate ed il monitoraggio dei cambiamenti ecologici su intervalli annuali e stagionali.

Il database consente l’esplorazione di una vasta gamma di parametri di biodiversità, tra cui l’abbondanza delle specie, i modelli di distribuzione e i cambiamenti nel tempo. Il database permette studi sulle interazioni dinamiche tra flora e fauna, offrendo preziose informazioni sulla salute ecologica e sulla resilienza di questi ambienti costieri.

 

DOTAZIONE URDIS 2023

 

 

Impianto sperimentale di allevamento

Principali finalità: prove di allevamento di specie ittiche (marine e dulciacquicole) di interesse commerciale; stabulazione tartarughe marine (Centro accoglienza tartarughe marine Unicam-Riserva Sentina-Regione Marche).

Dotazione: 7 vasche di dimensioni 2 mt. X 2mt., 2 vasche di dimensioni 2,10 mt. X 4,30 mt.; tutte le vasche possono essere alimentate con acqua dolce o salata a seconda della necessità e risultano servite da impianto di ossigenazione. L’impianto è fornito di sistema di depurazione degli scarichi costituito da: 1 Protein skimmer, 4 filtri a sabbia e 2 sterilizzatori UV. Parte della struttura in cui è collocato l’impianto, è dotato anche di impianto di climatizzazione.

 

Impianto Acquari

Principali finalità: prove di ecotossicità di contaminanti ambientali.

Dotazione: 30 acquari della capacità di 200 litri cad., con possibilità di alimentazione con acque dolci o marine a seconda della necessità.

Nel 2020 è terminato il ricollocamento degli acquari didattici dopo quelli ad uso dei progetti di ricerca (avvenuto nel 2019) in ambienti più idonei con installazione di nuovi impianti (elettrico, idrico e servizi). Nel 2021 le attività di installazione ed adeguamento sono proseguite e terminate nel 2022. Nel 2023 sono stati realizzati 4 sistemi VacuSIP per il campionamento del flusso inalante ed esalante di invertebrati filtratori al fine di eseguire il metodo InEx (Morganti, T., Yahel, G., Ribes, M., Coma, R. VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders. J. Vis. Exp. (114), e54221, 2016, doi:10.3791/54221).

 

 

Laboratorio analisi dei prodotti ittici

Principali finalità: determinazioni della qualità dei prodotti ittici e dei mangimi utilizzati in acquicoltura, nonché determinazione dell’eventuale presenza di xenobiotici nell’ambiente marino e negli organismi acquatici.

Dotazione: Gas cromatografo con rilevatore FID e annessi generatori di idrogeno azoto ed aria, HPLC Varian biocompatibile con rilevatori UV-VIS e a fluorescenza, Cappa chimica, Rotovapor, Muffola, Stufa, Omogeneizzatore, Impianto per la produzione di acqua deionizzata e distillata.

 

Laboratorio Endocrinologia Comparata

Principali finalità: Environmental endocrinology (interferenti endocrini e sviluppo di metodologie per il monitoraggio degli estrogeni ambientali); Ambiente e biologia riproduttiva in acquicoltura; Controllo locale dell’attività gonadica; Miglioramento della qualità delle produzioni ittiche; Sistema endocannabinoide (ambiente, stress e riproduzione).

Dotazione: 3 Cappe a flusso laminare, incubatore termostatato per colture cellulari, apparecchiatura completa per elettroforesi, termociclatore, transilluminatore U.V., spettrofotometro UV-VIS, spettrofotometro per ELISA, congelatori (-20°C e -80°C), strumentazione da banco (pHmetri, agitatori, bilancia di precisione con tavolo antivibrante, bagnetti termostatabili), centrifuga refrigerata, autoclave, produttore ghiaccio a scaglie, stufa aria forzata, PCR Realtime + PC e Software, PCR, macchina fotografica digitale, Phmetro + sonda temperatura phmetro + elettrodo, liofilizzatore.

 

 

 

 

Laboratorio di Biochimica e Biochimica analitica

Principali finalità: caratterizzazione biochimica di alimenti funzionali; determinazioni bromatologiche e metaboliche di vegetali di IV gamma: proprietà antiossidanti e nutrizionali in termini polifenolici. Studio dell’interazione cinetica e termodinamica tra metaboliti naturali e sistemi enzimatici di interesse biomedico.

Dotazione: HPLC con rilevatore UV-VIS e rilevatore a fluorescenza, Cappa chimica, Rotovapor, Muffola, Stufa, Omogeneizzatore, impianto per la produzione di acqua deionizzata e distillata, 3 spettrofotometri UV-VIS, 1 bagnetto termostatabile.

Dal 2023 acquisizione di una piattaforma per il virtual screening tramite docking di molecole bioattive verso targets macromolecolari biologici.

 

Laboratorio di didattica, ricerca di base delle scienze genomiche e trascrittomiche.

Principali finalità: didattica e ricerca di base.

Dotazione: 2 spettrofotometri UV-VIS, 1 spettrofotometri Jasco V-550, incubatore, strumentazione da banco (1 pHmetro, agitatori, 1 bagnetto termostatabile, 2 centrifughe, cappa chimica, 15 microscopi, 2 stereomicroscopi).

Piattaforma iSeq 100 System (Illumina) completa di sistema QUBIT 4 QUANT (Life Technologies) per la quantificazione DNA/RNA/proteine

 

Laboratorio di didattica e ricerca di Spettrometria di Massa

Principali finalità: caratterizzazione biochimica-analitica di campioni ambientali ed alimentari. Targeted Proteomics. Metabolomics.

Dotazione: HPLC Waters con rilevatore UV-VIS e spettrometro Triplo Quadrupolo MS/MS, 1 spettrofotometro Jasco V-550.

 

2023: Nuovo Laboratorio di didattica e ricerca di Advanced GIS per applicazioni nel monitoraggio ambientale e la climatologia

Principali finalità: Applicazioni di Topografia, Cartografia, Landscape Geomorphology per il monitoraggio ambientale e la climatologia.

Dotazione: GPS per GIS mapping. Nel 2024 acquisiremo una stazione meteo con datalogger.

 

Sistema per il trattamento e la ricircuitazione delle acque.

 

Principali finalità: moderno sistema, estremamente compatto, che riunisce pompaggio, sterilizzatore a raggi U.V., e termoregolazione delle acque.

Dotazione: Impianto di sterilizzazione a raggi U.V., Impianto ozono per termoregolazione delle acque, Schiumatoio, Quadro comandi. Le dimensioni complessive di ingombro della tecnologia sopra descritta sono di cm115x150x80h. Il dispositivo è stato posizionato al di sopra della vasca grazie ad un supporto (cm 88x115x68h), appositamente predisposto per mantenere il sistema ad una distanza di sicurezza dal livello delle acque.

Nel 2020 tutto il sistema di trattamento e ricircuitazione delle acque è stato sottoposto a completa riprogettazione e reinstallazione, al fine di avere un sistema flessibile che possa permettere l’isolamento delle singole vasche ed utilizzando pompe di nuova generazione.

 

Sistema di sterilizzatore a raggi U.V. per l’intero approvvigionamento della condotta della presa a mare.

 

Il Centro è provvisto di una presa a mare con la quale vengono alimentati, quando necessario, gli impianti sopra descritti, Nel 2021 è stata iniziata operazione per la verifica dell’impianto, anche per risolvere il trend di diminuzione della salinità osservato negli ultimi anni. Nel 2022 è stata localizzata con esattezza la condotta fino a mare, nella prospettiva di riposizionare la stessa in tempi brevi.

Il Centro è provvisto di 5 aule con una capienza complessiva di 400 posti, con aula informatica da 10 postazioni e laboratorio didattico da 30 postazioni. Nel 2023 è stato completato un nuovo laboratorio didattico di microscopia da 20 postazioni.